После распада СССР Башкортостан стал субъектом Российской Федерации. В 1990 году была принята Декларация о государственном суверенитете, а в 1992 году республика получила современное название — Республика Башкортостан. Были утверждены государственные символы и принята Конституция Республики Башкортостан.
Первым Президентом республики стал Муртаза Рахимов. В регионе были созданы новые органы государственной власти, начал работу Государственный Собрание — Курултай Республики Башкортостан.
В 1990-е годы экономика переходила к рыночной системе. Несмотря на экономический кризис, республике удалось сохранить крупные промышленные предприятия, поддержать сельское хозяйство и развивать социальную инфраструктуру.
К началу 2000-х годов экономика стабилизировалась. Увеличились объёмы промышленного производства, развивались малый бизнес, транспорт, сельское хозяйство и газификация населённых пунктов. Башкортостан стал одним из экономически развитых регионов России.
